El departamento de contabilidad maneja los balances económicos de seis instituciones arquidiocesanas. Además posee varios centros de costos como el Instituto Corporativo de Acción Pastoral (ICAP), Economía, Fondo Común Sacerdotal y Seguro Social Eclesiástico, entre otros.

Dicha área clasifica y revisa toda la información financiera, para la toma de decisiones.Además se elabora la documentación tributaria.

Actualmente se está implementando las Normas Internacionales de Información Financiera, las cuales buscan reflejar la realidad económica de las organizaciones requiriendo para ello recursos humanos y tecnológicos.

Esta oficina está conformada por una contadora y dos asistentes contables.